War das Bauamt jahrelang für den Wiederaufbau zerstörter Kirchengebäude zuständig, so zählt heute der Erhalt der historischen Bauten und der Neubau von Gotteshäusern, wie z.B. der „Campus der Religionen“ im Stadterweiterungsgebiet Seestadt Aspern, zu den Aufgaben des Bauamts der Erzdiözese Wien.